More than 17 million people die each year of cardiovascular diseases (CVDs). That represents 31% of all global deaths, making these diseases the leading cause of death worldwide. Can you help us investigate it?

By join DENIS@home you will donate the iddle times of your computer to develop and simulate mathematical models that investigate the heart. You only need to download and run a free program on your computer.

Electrophysiological models are a powerful tool to study the electrical activity of cardiac cells under normal or pathological conditions. These models can also help predict the effects of drugs in the heart. These models are complex and it's neccessary to simulate them many times (varying the conditions or model parameters). For this reason, researchers in this field usually require high computational power. We have created DENIS@home as a simulation infrastructure to help researchers. Will you help us?

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We are back! // ¡Estamos de vuelta!
Dear volunteers,
We are back! The wait has been longer than we would have liked, but surprisingly, what we bring comes sooner than we expected. Ivan Royo has been working this term on the 1D version of DENIS (denis-fiber) and we already have a first version to start testing. It is a fairly advanced version of what will be the final one (still without checkpoints), but at this point it is very useful to start testing to see that everything is going well and to polish the last details.

Thanks to a grant from the Ministry, Iván is studying how cellular differences (interpatient variations) affect the propagation of the electrical impulse in the heart, and for this we need to scale up. If the tests go well, we will start running simulations within this new project. For now, they are all functional tests. We will start with manageable simulation sizes and gradually increase the number based on how the server responds and our post-processing capacity.

The optimization of the models is still pending as well, I hope we can resume it soon.

Best regards,
Jesús.

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Estimados voluntarios:
¡Estamos de vuelta! La espera ha sido más larga de lo que habríamos querido, pero sorprendentemente, lo que traemos viene antes de lo que esperábamos. Ivan Royo ha estado este curso trabajando en la versión 1D de DENIS (denis-fiber) y ya tenemos una primera versión para empezar a hacer pruebas. Es una versión bastante avanzada de lo que será la final (aún sin chekpoints), pero en este punto nos viene muy bien poder empezar a hacer pruebas para ver que todo marcha bien e ir puliendo los últimos detalles.

Gracias a una beca del Ministerio, Iván está estudiando cómo afectan las diferencias celulares (variaciones interpaciente) en la propagación del impulso eléctrico en el corazón, y para ello necesitamos subir de escala. Si las pruebas van bien, comenzaremos a lanzar simulaciones dentro de este nuevo proyecto. De momento son todo pruebas de funcionamiento. Vamos a empezar con tamaños de simulaciones manejables e ir aumentando el número para cómo va respondiendo el servidor y nuestras capacidad de postprocesado.

La parte de la optimización de los modelos está aún pendiente también, espero que podamos retomarla en breve.

Un saludo,
Jesús.
26 Mar 2025, 9:09:40 UTC · Discuss

Status of the project // Estado del proyecto
Dear Volunteers,

As you may have noticed, the task hiatus has extended longer than we would have liked. I apologize for not writing sooner, as I was hoping we could launch something earlier. However, given our current workload and the steps required for the new simulations, there will be no new tasks at least until the end of February.

I apologize for this decrease in activity; we will return as soon as possible.

Sincerely,
Jesús.

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Estimados voluntarios:
Como habéis podido comprobar, el parón de tareas se ha extendido más de lo que nos habría gustado. Disculpad que no haya escrito antes porque esperaba que pudieramos lanzar algo antes, pero vista la carga de trabajo que tenemos y los pasos que requieren las nuevas simulaciones, no habrá nuevas tareas por lo menos hasta finales de febrero.

Disculpad esta bajada de actividad, volveremos lo antes posible.

Atentamente,
Jesús.
27 Jan 2025, 9:45:23 UTC · Discuss

Project progress and summer period // Avance del proyecto y período estival
Dear volunteers,
First of all, please excuse me because I wanted to send this message a week ago, but I was not able to do so. As you have seen these days, just like last year, we are entering the summer period, and the rate of sending simulations will be affected. We hope that it does not stop completely, but the sent tasks will be reduced.

I take this opportunity to update the results of the last months: you have been optimizing one of the most used human ventricle models: the O'Hara and Rudy model. We have tested several optimization configurations and have obtained a new adjustment for the model that improves its behavior in relation to a large number of markers reported in the scientific literature. There is still a configurations that has not been finished, but we are already beginning to prepare a scientific publication that summarizes our results. As soon as it is finished and published (it is a long process), we will share it with you and explain it.

In the coming months we will begin to optimize a version of this widely used model, which is the basis of a new model we are developing to study heart failure. We will take advantage of this change in model to automate some things, so the slow pace of summer may be a little longer at the beginning of the school year, but with the objective that the pace will not slow down afterwards.

Thank you all very much for your understanding, and this afternoon, new tasks.

Best regards,
Jesus.

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Estimados voluntarios:
En primer lugar, disculpadme porque este mensaje quería haberlo mandado hace una semana, y no pude hacerlo. Como habéis comprobado estos días, al igual que el año pasado, entramos en el período estival, y el ritmo de envío de simulaciones se verá afectado. Esperemos que no se detenga del todo pero se reducirán las tareas que enviaremos.

Aprovecho para actualizaros que en los últimos meses, habéis estado optimizando uno de los modelos de ventrículo humano más utilizados: el modelo de O'Hara y Rudy. Hemos probado varias configuraciones de la optimización y hemos obtenido un nuevo ajuste del modelo que mejora el comportamiento del mismo con relación a una gran cantidad de marcadores reportados en la literatura científica. Queda un poco para que termine una de las configuraciones, pero estamos ya comenzando a preparar una publicación científica que resuma nuestros resultados. Tan pronto como esté terminada y publicada (es un proceso largo), os la compartiremos y explicaremos.

En los próximos meses comenzaremos a optimizar una versión de este modelo que se usa mucho y que es la base de un nuevo modelo que estamos desarrollando para estudiar la insuficiencia cardiaca. Aprovecharemos este cambio de modelo para automatizar algunas cosas, así que igual el ritmo lento de verano se alarga un poco al comienzo de curso, pero con la idea de que después no baje el ritmo.

Muchas gracias a todos por la comprensión, y esta tarde, tareas nuevas.

Un saludo,
Jesús.
29 Jul 2024, 11:12:12 UTC · Discuss

Hard drive space crisis solved // Crisis de espacio en el disco duro resuelta
Dear volunteers,
This weekend we have broken a new record for computing Teraflops (since we are in this new stage of the project). This is thanks to the pace of sending results that you have been doing in recent days and being more stable in the generation of work packages.

Although we were monitoring it, the coincidence of this peak with the database backup on the weekend has caused the hard drive to become saturated sooner than expected. We have been working since Monday on moving data out of the server and even other processes, but as we gained space it kept filling up with results that were pending upload.

This morning, for the first time in two days, more tasks have been validated than have been received and little by little normality will return. At first, it doesn't seem like anything has been lost and we are already submitting work again.

We have expanded the space to receive results and are working on automating some of the tasks to ensure we can continue to grow.

Thank you all very much, if we have this type of problems it is because of the great support you give us, we will continue working to grow by your side.

Sorry for not answering in the forums, and thank you very much for be aware of the evolution.

All the best,
Jesus.

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Estimados voluntarios:
Este fin de semana hemos batido un nuevo record de Teraflops de computación (desde que estamos en esta nueva etapa del proyecto). Esto es gracias al ritmo de envío de resultados que estáis haciendo en los últimos días y de estar más estables en la generación de paquetes de trabajo.

Aunque ibamos monitorizándolo, la coincidencia de este pico con la copia de seguridad de la base de datos en el fin de semana ha hecho que se saturara el disco duro antes de lo esperado. Hemos estado trabajando desde el lunes en mover datos fuera del servidor e incluso otros procesos, pero según ganábamos espacio se seguía llenando con los resultados que estaban pendientes de subir.

Esta mañana, por primera vez en dos días se han validado más tareas de las que se han recibido y poco a poco se irá retomando la normalidad. En principio, no parece que se haya perdido nada y ya estamos enviando trabajo de nuevo.

Hemos ampliado el espacio para recibir resultados y estamos trabajando en automatizar algunas de las tareas para garantizar que podemos seguir creciendo.

Muchas gracias a todos, si tenemos este tipo de problemas es por el gran apoyo que nos dais, seguiremos trabajando para crecer a vuestro lado.

Disculpad que no haya contestado en los foros, muchas gracias por estar tan pendientes de la evolución.

Un saludo,
Jesús.
13 Mar 2024, 9:20:00 UTC · Discuss

Project status update // Actualización del estado del proyecto
Dear volunteers,
I am writing to update you on how the different experiments we had launched have been going and the next steps we will take.

On the one hand, we have finished (at least temporarily) the optimization of our model. As we had already told you, with the results that you have sent us, we managed to greatly improve how our model represented different physiological markers, but a problem that we thought we had solved had reappeared. We have tried different options but it reappeared in all of them. That forces us to stop and take steps back in the definition of the model, so, for the moment, we will not be launching new simulations in NHuVe.

On the other hand, as we had told you, we are trying to use our optimization algorithm in another existing model. The results seem to be very good, but we have to work in parallel on their validation.

In the coming weeks we will be working on requesting funding from the Government of Aragon for a new research project that will use DENIS as a computing platform, so you may have noticed that our activity has decreased a little. If this goes well (hopefully!) we will keep you informed, but keep in mind that these things are slow so the answer will take months to arrive.

Thank you all very much for staying there and for your support.

Sincerely,
Jesus.

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Estimados voluntarios:
Os escribo para actualizar cómo han ido yendo los diferentes experimentos que teníamos lanzados y los próximos pasos que seguiremos.

Por un lado, hemos terminado (al menos temporalmente) la optimización de nuestro modelo. Como ya os habíamos comentado, con los resultados que nos habéis ido mandando conseguíamos mejorar mucho cómo nuestro modelo representaba diferentes marcadores fisiológicos pero había reaparecido un problema que creíamos haber solucionado. Hemos probado diversas opciones pero en todas ellas reaparecía. Eso nos obliga a parar y dar pasos atrás en la definición del modelo, por lo que, por el momento, no estaremos lanzando nuevas simulaciones en NHuVe.

Por otro lado, como os habíamos adelantado, estamos probando a utilizar nuestro algoritmo de optimización en otro modelo ya existente. Los resultados parecen ser muy buenos, pero tenemos que ir trabajando en paralelo en la validación de los mismos.

En las próximas semanas estaremos trabajando en pedir financiación al Gobierno de Aragón para un nuevo proyecto de investigación que utilizará DENIS como plataforma de cómputo por lo que habréis notado que ha bajado un poco nuestra actividad. Si esto saliera bien (¡ojalá!) os mantendremos informados, pero contad que estas cosas son lentas así que la respuesta tardará meses en llegar.

Muchas gracias a todos por seguir ahí y por vuestro apoyo.

Atentamente,
Jesús.
12 Jan 2024, 10:00:08 UTC · Discuss

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