More than 17 million people die each year of cardiovascular diseases (CVDs). That represents 31% of all global deaths, making these diseases the leading cause of death worldwide. Can you help us investigate it?

By join DENIS@home you will donate the iddle times of your computer to develop and simulate mathematical models that investigate the heart. You only need to download and run a free program on your computer.

Electrophysiological models are a powerful tool to study the electrical activity of cardiac cells under normal or pathological conditions. These models can also help predict the effects of drugs in the heart. These models are complex and it's neccessary to simulate them many times (varying the conditions or model parameters). For this reason, researchers in this field usually require high computational power. We have created DENIS@home as a simulation infrastructure to help researchers. Will you help us?

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Hey boys, hey girls! Welcome on board. I am IT guy with over 10 years experienced in Websites and Windows system. First steps I done with DOS and...

Project status and next steps // Estado del proyecto y pasos futuros
Dear volunteers,

Apologies for the delay in getting back to you since the simulations were completed. Over the past few weeks, and with a special mention to all of you, Iván defended his Final Degree Project. In the weeks leading up to it, we were somewhat disconnected as we reviewed his project and prepared for the defense. He achieved an excellent grade (one of the highest in his class). Congratulations to Iván for all the hard work!

These days, we are preparing a paper for the Spanish Society of Biomedical Engineering Conference, to present the new features of DENIS and some initial performance tests. The idea is to later carry out a larger set of tests to see how volunteer computing can help with this type of problems, which types of simulations could benefit most from your support, and what the limitations are.

Once this more technical part is further along, we have two challenges ahead. The first, which is delayed on my part, is to run a few more simulations for the model optimization and publish all the results. The second is to advance in the area of model optimization, but now using the fiber simulator: this opens many new doors for us.

The holiday season is approaching, so I’m not sure how much we’ll be able to launch before then, but we’ll keep you informed as things progress.

Thank you all very much for your support.

Best regards,
Jesús

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Estimados voluntarios:
Disculpad por haber tardado un poco en daros noticias desde que se terminaron las simulaciones. En las últimas semanas y con una mención especial a todos vosotros, Iván defendió su Proyecto Final de Grado. En las semanas previas estuvimos algo desconectados revisando su memoria y preparando la defensa. Consiguió una magnífica calificación (de las mas altas de su promoción). ¡Enhorabuena Iván por todo el trabajo realizado!
En estos días estamos preparando un artículo para la Conferencia de la Sociedad Española de Ingeniería Biomédica, para presentar las nuevas funcionalidades de DENIS y unas primeras pruebas de rendimiento. La idea es hacer más adelante una batería de pruebas más grandes para ver cómo la computación voluntaria puede ayudar en este tipo de problemas, qué tipos de simulaciones son las que más se podrían beneficiar de vuestro apoyo, y cuáles las limitaciones.

Una vez avanzada esta parte más técnica, tenemos dos retos por delante. El primero, que van con retraso por mi parte, es hacer algunas simulaciones más de la optimización de modelos, y publicar los resultados. El segundo es avanzar en el tema de la optimización de modelos, pero haciendo uso ya del simulador de fibra: aquí se nos abren muchas puertas nuevas.

Se acercan ya los días de descanso, por lo que no sé cuánto podremos lanzar antes, os iremos informando según vayan saliendo.

Muchas gracias a todos por vuestro apoyo.

Un saludo,
Jesús.
21 Jul 2025, 8:43:30 UTC · Discuss

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New version with checkpoints // Nueva versión con checkpoints
Dear Volunteers,

Over the past few weeks, we have been testing the server and the new application developed by Iván. After verifying that the application is running well and having a general idea of the server's limits for the application, we have just launched a new version. This new version includes checkpoints so that we can run longer simulations without issues arising from restarts. Debugging checkpoints has always been one of the most challenging aspects when developing new versions, so we will be monitoring how things progress gradually. It will remain in beta mode, so please be patient if this leads to tasks that are not validated or other types of problems. One of the risks at this stage is that if the simulation does not restart correctly at the checkpoint, it becomes corrupted and the results will not match those submitted by other volunteers.

Thank you very much to everyone who is running our beta version. Without this validation, it would be unthinkable to be able to advance towards creating better simulations.

Sincerely,
Jesús.

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Estimados voluntarios: En las últimas semanas hemos estado poniendo a prueba al servidor y la nueva aplicación desarrollada por Iván. Tras ver que la aplicación va bien y tenemos más o menos claros los límites del servidor para la aplicación, acabamos de lanzar una nueva versión. Esta nueva versión incluye checkpoints para así poder lanzar simulaciones más largas sin que sea un problema por reinicios. La depuración de los checkpoints siempre ha sido uno de los elementos más difíciles cuando desarrollamos nuevas versiones, así que vamos a ir viendo poco a poco cómo va. Seguirá en modo beta y tened paciencia si esto genera tareas que no se validan u otro tipo de problemas, es uno de los riesgos en este punto. Si no se reinicia bien en el checkpoint la simulación queda corrompida y los resultados no coincidirán con los enviados por otros voluntarios.

Muchísimas gracias a todos los que estáis corriendo nuestra versión beta, sin esta validación sería impensable poder avanzar para hacer mejores simulaciones.

Atentamente,
Jesús.
26 May 2025, 10:08:44 UTC · Discuss

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We are back! // ¡Estamos de vuelta!
Dear volunteers,
We are back! The wait has been longer than we would have liked, but surprisingly, what we bring comes sooner than we expected. Ivan Royo has been working this term on the 1D version of DENIS (denis-fiber) and we already have a first version to start testing. It is a fairly advanced version of what will be the final one (still without checkpoints), but at this point it is very useful to start testing to see that everything is going well and to polish the last details.

Thanks to a grant from the Ministry, Iván is studying how cellular differences (interpatient variations) affect the propagation of the electrical impulse in the heart, and for this we need to scale up. If the tests go well, we will start running simulations within this new project. For now, they are all functional tests. We will start with manageable simulation sizes and gradually increase the number based on how the server responds and our post-processing capacity.

The optimization of the models is still pending as well, I hope we can resume it soon.

Best regards,
Jesús.

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Estimados voluntarios:
¡Estamos de vuelta! La espera ha sido más larga de lo que habríamos querido, pero sorprendentemente, lo que traemos viene antes de lo que esperábamos. Ivan Royo ha estado este curso trabajando en la versión 1D de DENIS (denis-fiber) y ya tenemos una primera versión para empezar a hacer pruebas. Es una versión bastante avanzada de lo que será la final (aún sin chekpoints), pero en este punto nos viene muy bien poder empezar a hacer pruebas para ver que todo marcha bien e ir puliendo los últimos detalles.

Gracias a una beca del Ministerio, Iván está estudiando cómo afectan las diferencias celulares (variaciones interpaciente) en la propagación del impulso eléctrico en el corazón, y para ello necesitamos subir de escala. Si las pruebas van bien, comenzaremos a lanzar simulaciones dentro de este nuevo proyecto. De momento son todo pruebas de funcionamiento. Vamos a empezar con tamaños de simulaciones manejables e ir aumentando el número para cómo va respondiendo el servidor y nuestras capacidad de postprocesado.

La parte de la optimización de los modelos está aún pendiente también, espero que podamos retomarla en breve.

Un saludo,
Jesús.
26 Mar 2025, 9:09:40 UTC · Discuss

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Status of the project // Estado del proyecto
Dear Volunteers,

As you may have noticed, the task hiatus has extended longer than we would have liked. I apologize for not writing sooner, as I was hoping we could launch something earlier. However, given our current workload and the steps required for the new simulations, there will be no new tasks at least until the end of February.

I apologize for this decrease in activity; we will return as soon as possible.

Sincerely,
Jesús.

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Estimados voluntarios:
Como habéis podido comprobar, el parón de tareas se ha extendido más de lo que nos habría gustado. Disculpad que no haya escrito antes porque esperaba que pudieramos lanzar algo antes, pero vista la carga de trabajo que tenemos y los pasos que requieren las nuevas simulaciones, no habrá nuevas tareas por lo menos hasta finales de febrero.

Disculpad esta bajada de actividad, volveremos lo antes posible.

Atentamente,
Jesús.
27 Jan 2025, 9:45:23 UTC · Discuss

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Project progress and summer period // Avance del proyecto y período estival
Dear volunteers,
First of all, please excuse me because I wanted to send this message a week ago, but I was not able to do so. As you have seen these days, just like last year, we are entering the summer period, and the rate of sending simulations will be affected. We hope that it does not stop completely, but the sent tasks will be reduced.

I take this opportunity to update the results of the last months: you have been optimizing one of the most used human ventricle models: the O'Hara and Rudy model. We have tested several optimization configurations and have obtained a new adjustment for the model that improves its behavior in relation to a large number of markers reported in the scientific literature. There is still a configurations that has not been finished, but we are already beginning to prepare a scientific publication that summarizes our results. As soon as it is finished and published (it is a long process), we will share it with you and explain it.

In the coming months we will begin to optimize a version of this widely used model, which is the basis of a new model we are developing to study heart failure. We will take advantage of this change in model to automate some things, so the slow pace of summer may be a little longer at the beginning of the school year, but with the objective that the pace will not slow down afterwards.

Thank you all very much for your understanding, and this afternoon, new tasks.

Best regards,
Jesus.

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Estimados voluntarios:
En primer lugar, disculpadme porque este mensaje quería haberlo mandado hace una semana, y no pude hacerlo. Como habéis comprobado estos días, al igual que el año pasado, entramos en el período estival, y el ritmo de envío de simulaciones se verá afectado. Esperemos que no se detenga del todo pero se reducirán las tareas que enviaremos.

Aprovecho para actualizaros que en los últimos meses, habéis estado optimizando uno de los modelos de ventrículo humano más utilizados: el modelo de O'Hara y Rudy. Hemos probado varias configuraciones de la optimización y hemos obtenido un nuevo ajuste del modelo que mejora el comportamiento del mismo con relación a una gran cantidad de marcadores reportados en la literatura científica. Queda un poco para que termine una de las configuraciones, pero estamos ya comenzando a preparar una publicación científica que resuma nuestros resultados. Tan pronto como esté terminada y publicada (es un proceso largo), os la compartiremos y explicaremos.

En los próximos meses comenzaremos a optimizar una versión de este modelo que se usa mucho y que es la base de un nuevo modelo que estamos desarrollando para estudiar la insuficiencia cardiaca. Aprovecharemos este cambio de modelo para automatizar algunas cosas, así que igual el ritmo lento de verano se alarga un poco al comienzo de curso, pero con la idea de que después no baje el ritmo.

Muchas gracias a todos por la comprensión, y esta tarde, tareas nuevas.

Un saludo,
Jesús.
29 Jul 2024, 11:12:12 UTC · Discuss

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